اهداف سازمان دامپزشکی کشور:
1. تأمین بهداشت، سلامت و فراهم کردن رفاه دام ، کنترل، پیشگیری و مبارزه با بیماری‌های دامی.
2. تأمین و تضمین بهداشت و سلامت فرآورده‌های دامی.
3. پیشگیری و مبارزه با بیماری‌های مشترک انسان و دام.
4. فراهم کردن شرایط ورود به بازارهای جهانی، توسعه پایدار و سرمایه گذاری در بخش دام.
5. اجرای الزامات، مقررات و دستورالعمل های بهداشتی سازمان‌های بین المللی مرتبط.
وظایف اساسی سازمان دامپزشکی کشور:
1. سیاست گذاری،برنامه ریزی،تدوین ضوابط ومدیریت شبکه های مراقبت بیماری‌های دامی نظیر شبکه های ملی مراقبت بیماری‌های حیوانی (خاکزی)، بیماری‌های حیوانی(آبزی) و بیماری‌های مشترک انسان و حیوان
2. انجام اقدامات و هماهنگی های لازم با واحدهای تابعه استانی برای شناسایی کانون بیماری‌های دامی و عوامل مؤثر در وقوع و انتشار آن‌ها.
3. سیاست گذاری ، برنامه ریزی ونظارت برای تامین بهداشت دام از طریق کنترل، پیشگیری و ریشه کنی بیماری‌های واگیردار و قرنطینه ای دام.
4. انجام اقدامات وهماهنگی های لازم برای مبارزه با بیماری‌های مشترک دام بین انسان و حیوان با همکاری وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی و سایر مراجع ذیصلاح.
5. سیاست گذاری، برنامه ریزی ، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتی و قرنطینه ای و امنیت زیستی برای ورود و خروج و نقل و انتقال دام و فرآورده‌های دامی( ملی و بین المللی) و صدور مجوزهای بهداشتی مرتبط.
6. سیاست گذاری، برنامه ریزی، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتی و قرنطینه ای و امنیت زیستی درکارخانه‌های تولید خوراک دام ،کشتارگاه ها وکارخانه های تولید وفرآوری محصولات دامی با هماهنگی دستگاه های ذیربط.
7. بازرسی و کنترل کیفی بهداشتی فرآورده‌های خوراکی دام از مرحله تولید تا توزیع(از مزرعه تا سفره مصرف کننده) .
8. سیاست گذاری، برنامه ریزی، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتی و قرنطینه ای و امنیت زیستی درمحیط های زندگی،پرورش ونگهداری دام وسایرتاسیسات مربوطه.
9. سیاست گذاری، برنامه ریزی و نظارت بر اقدامات اجرایی کنترل و پیشگیری بیماری‌های غیر واگیر از جمله بیماری‌های متابولیک ، مسمومیت ها و...
10. مدیریت اجرای برنامه های ملی، منطقه ای و بین المللی برای کنترل ، پیشگیری و ریشه کنی بیماری‌های فرامرزی باهماهنگی واحدهای ذی ربط.
11. راه اندازی شبکه ملی تجزیه و تحلیل خطرات احتمالی برای جلوگیری از ورود عوامل بیماری زا به داخل‌کشور.
12. سیاست گذاری، برنامه ریزی و مدیریت بحران و واکنش های سریع برای بهداشت دام و ایمنی مواد غذایی در سطح ملی.
13. سیاست گذاری، برنامه ریزی و نظارت بر اقدامات پیشگیرانه و کنترلی بیماری‌های واگیر دار و قرنطینه ای در حیوانات وحشی و پرندگان آزادپرواز با همکاری مراجع داخلی و بین المللی مرتبط .
14. سیاست گذاری و تعیین انواع مختلف حیوانات خانگی بی خطر برای جامعه و اعمال ضوابط بهداشتی و راهبری مراکز بهداشتی درمانی بخش غیر دولتی دامپزشکی برای صدور شناسنامه این حیوانات و ایمن سازی مستمر آنان در برابر بیماری‌های واگیردار.
15. برنامه ریزی ومدیریت شبکه ملی ثبت انواع داروها ، فرآورده‌های بیولوژیک، واکسن ها، سرم ها ضد عفونی ها ، سموم و مواد بیولوژیک و مواد اولیه.
16. سیاست گذاری و تعیین ضوابط تولید و پرورش حیوانات آزمایشگاهی و استاندارد گذاری آنان و تدوین مقررات و آیین نامه های لازم و اعمال انان برای پرهیز و اجتناب از آزار حیوانات وبه حداقل رساندن مطالعات in vivo (حیوانات زنده).
17. سیاست گذاری ، برنامه ریزی و نظارت بر اعمال ضوابط برای رعایت حقوق حیوانات و تامین رفاه دام ودستیابی به تولیدات ارگانیک دامی با تاکید بر ترویج فرهنگ اصیل ایرانی و اسلامی در این‌رابطه.
18. شناسایی و تعیین هویت دام کشور و صدور شناسنامه های بهداشتی واحدهای اپیدمیولوژیک.
19. ایجاد پست های قرنطینه در داخل کشور و پایانه های مرزی به منظور اعمال مقررات بهداشتی و قرنطینه ای .
20. سیاست گذاری،ْ برنامه ریزی و نظارت بر امور تشخیص و درمان بیماری‌های دامی .
21. ایجاد وتوسعه کمی وکیفی شبکه های مختلف آزمایشگاهی تشخیص وکنترل کیفی به منظور حمایت شبکه مراقبت بیماری‌های دام و آبزیان واستانداردسازی آن‌ها.
22. تدوین ومدیریت برنامه ملی اعتبار بخشی آزمایشگاه های دامپزشکی کشور (تحقیقاتی- اجرایی - دولتی- غیردولتی ).
23. برنامه ریزی و اجرای برنامه های مرتبط با بیوتکنولوژی وطب مکمل در دامپزشکی.
24. سیاست گذاری ، برنامه ریزی و نظارت بر اجرای ضوابط مربوط به پسماندهای دامپزشکی .
25. تدوین و ابلاغ دستورالعمل ها و ضوابط فنی و اجرایی بهداشتی و قرنطینه ای (ملی، منطقه ای و بین المللی )دامپزشکی .
26. سیاست گذاری، برنامه ریزی و استقرار و گسترش شبکه های ملی تشخیص بقایای دارویی درفرآورده‌های دامی بمنظور اجرای برنامه های ملی کنترل بقایای دارو،آنتی بیوتیک،سموم،آفت کش ها،فلزات سنگین و ...
27. برنامه ریزی درجهت مدیریت فرایند تولید،فرآوری، ورود وصدور،نگهداری و توزیع انواع دارو، واکسن، سرم، ضدعفونی کننده ها، سموم و مواد بیولوژیک و مواد اولیه آن‌ها و کارایی این نهاده ها.
28. انجام نظارت های موثر برمراکز و کارخانه های تولیدوفرآوری،ورود ،صدور و توزیع انواع دارو ، واکسن، سرم، ضدعفونی کننده ها، سموم و مواد بیولوژیک و مواد اولیه موردمصرف دامپزشکی.
29. برنامه ریزی و هماهنگی ترویج و انتقال آخرین یافته های بهداشتی، قرنطینه ای و امنیت زیستی دامپزشکی به بهره‌برداران مرتبط ازطریق واحدهای عملیاتی تابعه.
30. برنامه ریزی و هماهنگی به منظور آموزش و اطلاع رسانی در امر بهداشت عمومی.
31. برنامه ریزی و هماهنگی به منظور توسعه سطح دانش،فن آوری مهارت های دامپزشکی ازطریق ایجاد ارتباط مستمر و موثر بامراکز و نهادهای تحقیقاتی و مشارکت با مراکز آموزشی و تحقیقاتی در اجرای پروژه‌های تحقیقاتی کاربردی.
32. برنامه ریزی و نظارت بر اجرای دوره های آموزشی ضمن خدمت کارکنان.
33. سیاست گذاری و برنامه ریزی برای توسعه و آموزش بخش غیردولتی در حوزه دامپزشکی وصدورپروانه های لازم ونظارت برعملکرد آن‌ها با همکاری مراجع ذیربط.
34. مشارکت فعال در کنفرانس های داخلی و بین المللی دامپزشکی و اعزام نماینده به این کنفرانس ها و همچنین مبادله اطلاعات علمی با مراکز و مراجع علمی و دامپزشکی.
35. تاسیس و توسعه شبکه های دامپزشکی همچنین تربیت کادر فنی در مناطق و مراکز دامداری کشور.
36. تهیه وسایل و لوازم فنی، داروها، واکسن، سرم، مواد بیولوژیکی، سموم و مواد ضدعفونی کننده مربوط به مبارزه با بیماری‌های دامی از داخل یا خارج از کشور و عرضه آن به مصرف کنندگان به قیمت تمام شده یا به صورت بلاعوض (برابربند13 قانون سازمان دامپزشکی کشور).
37. برنامه ریزی و نظارت بمنظوراجرای مفاد موافقت نامه های سازمان تجارت جهانی مربوط به بهداشت دام در سطح کشور.
38. همکاری با نهادهای مرتبط در ذبح و صید شرعی .