اهداف سازمان دامپزشكی كشور:
1. تأمين بهداشت، سلامت و فراهم كردن رفاه دام ، كنترل، پيشگيري و مبارزه با بيماري‌هاي دامي.
2. تأمين و تضمين بهداشت و سلامت فرآورده‌هاي دامي.
3. پيشگيري و مبارزه با بيماري‌هاي مشترك انسان و دام.
4. فراهم كردن شرايط ورود به بازارهاي جهاني، توسعه پايدار و سرمايه گذاري در بخش دام.
5. اجراي الزامات، مقررات و دستورالعمل هاي بهداشتي سازمان‌هاي بين المللي مرتبط.
وظايف اساسی سازمان دامپزشكی كشور:
1. سياست گذاري،برنامه ريزي،تدوين ضوابط ومديريت شبكه هاي مراقبت بيماري‌هاي دامي نظير شبكه هاي ملي مراقبت بيماري‌هاي حيواني (خاكزي)، بيماري‌هاي حيواني(آبزي) و بيماري‌هاي مشترك انسان و حيوان
2. انجام اقدامات و هماهنگي هاي لازم با واحدهاي تابعه استاني براي شناسايي كانون بيماري‌هاي دامي و عوامل مؤثر در وقوع و انتشار آن‌ها.
3. سياست گذاري ، برنامه ريزي ونظارت براي تامين بهداشت دام از طريق كنترل، پيشگيري و ريشه كني بيماري‌هاي واگيردار و قرنطينه اي دام.
4. انجام اقدامات وهماهنگي هاي لازم براي مبارزه با بيماري‌هاي مشترك دام بين انسان و حيوان با همكاري وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشكي و ساير مراجع ذيصلاح.
5. سياست گذاري، برنامه ريزي ، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتي و قرنطينه اي و امنيت زيستي براي ورود و خروج و نقل و انتقال دام و فرآورده‌هاي دامي( ملي و بين المللي) و صدور مجوزهاي بهداشتي مرتبط.
6. سياست گذاري، برنامه ريزي، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتي و قرنطينه اي و امنيت زيستي دركارخانه‌هاي توليد خوراك دام ،كشتارگاه ها وكارخانه هاي توليد وفرآوري محصولات دامي با هماهنگي دستگاه هاي ذيربط.
7. بازرسي و كنترل كيفي بهداشتي فرآورده‌هاي خوراكي دام از مرحله توليد تا توزيع(از مزرعه تا سفره مصرف كننده) .
8. سياست گذاري، برنامه ريزي، نظارت و اعمال ضوابط بهداشتي و قرنطينه اي و امنيت زيستي درمحيط هاي زندگي،پرورش ونگهداري دام وسايرتاسيسات مربوطه.
9. سياست گذاري، برنامه ريزي و نظارت بر اقدامات اجرايي كنترل و پيشگيري بيماري‌هاي غير واگير از جمله بيماري‌هاي متابوليك ، مسموميت ها و...
10. مديريت اجراي برنامه هاي ملي، منطقه اي و بين المللي براي كنترل ، پيشگيري و ريشه كني بيماري‌هاي فرامرزي باهماهنگي واحدهاي ذي ربط.
11. راه اندازي شبكه ملي تجزيه و تحليل خطرات احتمالي براي جلوگيري از ورود عوامل بيماري زا به داخل‌كشور.
12. سياست گذاري، برنامه ريزي و مديريت بحران و واكنش هاي سريع براي بهداشت دام و ايمني مواد غذايي در سطح ملي.
13. سياست گذاري، برنامه ريزي و نظارت بر اقدامات پيشگيرانه و كنترلي بيماري‌هاي واگير دار و قرنطينه اي در حيوانات وحشي و پرندگان آزادپرواز با همكاري مراجع داخلي و بين المللي مرتبط .
14. سياست گذاري و تعيين انواع مختلف حيوانات خانگي بي خطر براي جامعه و اعمال ضوابط بهداشتي و راهبري مراكز بهداشتي درماني بخش غير دولتي دامپزشكي براي صدور شناسنامه اين حيوانات و ايمن سازي مستمر آنان در برابر بيماري‌هاي واگيردار.
15. برنامه ريزي ومديريت شبكه ملي ثبت انواع داروها ، فرآورده‌هاي بيولوژيك، واكسن ها، سرم ها ضد عفوني ها ، سموم و مواد بيولوژيك و مواد اوليه.
16. سياست گذاري و تعيين ضوابط توليد و پرورش حيوانات آزمايشگاهي و استاندارد گذاري آنان و تدوين مقررات و آيين نامه هاي لازم و اعمال انان براي پرهيز و اجتناب از آزار حيوانات وبه حداقل رساندن مطالعات in vivo (حيوانات زنده).
17. سياست گذاري ، برنامه ريزي و نظارت بر اعمال ضوابط براي رعايت حقوق حيوانات و تامين رفاه دام ودستيابي به توليدات ارگانيك دامي با تاكيد بر ترويج فرهنگ اصيل ايراني و اسلامي در اين‌رابطه.
18. شناسايي و تعيين هويت دام كشور و صدور شناسنامه هاي بهداشتي واحدهاي اپيدميولوژيك.
19. ايجاد پست هاي قرنطينه در داخل كشور و پايانه هاي مرزي به منظور اعمال مقررات بهداشتي و قرنطينه اي .
20. سياست گذاري،ْ برنامه ريزي و نظارت بر امور تشخيص و درمان بيماري‌هاي دامي .
21. ايجاد وتوسعه كمي وكيفي شبكه هاي مختلف آزمايشگاهي تشخيص وكنترل كيفي به منظور حمايت شبكه مراقبت بيماري‌هاي دام و آبزيان واستانداردسازي آن‌ها.
22. تدوين ومديريت برنامه ملي اعتبار بخشي آزمايشگاه هاي دامپزشكي كشور (تحقيقاتي- اجرايي - دولتي- غيردولتي ).
23. برنامه ريزي و اجراي برنامه هاي مرتبط با بيوتكنولوژي وطب مكمل در دامپزشكي.
24. سياست گذاري ، برنامه ريزي و نظارت بر اجراي ضوابط مربوط به پسماندهاي دامپزشكي .
25. تدوين و ابلاغ دستورالعمل ها و ضوابط فني و اجرايي بهداشتي و قرنطينه اي (ملي، منطقه اي و بين المللي )دامپزشكي .
26. سياست گذاري، برنامه ريزي و استقرار و گسترش شبكه هاي ملي تشخيص بقاياي دارويي درفرآورده‌هاي دامي بمنظور اجراي برنامه هاي ملي كنترل بقاياي دارو،آنتي بيوتيك،سموم،آفت كش ها،فلزات سنگين و ...
27. برنامه ريزي درجهت مديريت فرايند توليد،فرآوري، ورود وصدور،نگهداري و توزيع انواع دارو، واكسن، سرم، ضدعفوني كننده ها، سموم و مواد بيولوژيك و مواد اوليه آن‌ها و كارايي اين نهاده ها.
28. انجام نظارت هاي موثر برمراكز و كارخانه هاي توليدوفرآوري،ورود ،صدور و توزيع انواع دارو ، واكسن، سرم، ضدعفوني كننده ها، سموم و مواد بيولوژيك و مواد اوليه موردمصرف دامپزشكي.
29. برنامه ريزي و هماهنگي ترويج و انتقال آخرين يافته هاي بهداشتي، قرنطينه اي و امنيت زيستي دامپزشكي به بهره‌برداران مرتبط ازطريق واحدهاي عملياتي تابعه.
30. برنامه ريزي و هماهنگي به منظور آموزش و اطلاع رساني در امر بهداشت عمومي.
31. برنامه ريزي و هماهنگي به منظور توسعه سطح دانش،فن آوري مهارت هاي دامپزشكي ازطريق ايجاد ارتباط مستمر و موثر بامراكز و نهادهاي تحقيقاتي و مشاركت با مراكز آموزشي و تحقيقاتي در اجراي پروژه‌هاي تحقيقاتي كاربردي.
32. برنامه ريزي و نظارت بر اجراي دوره هاي آموزشي ضمن خدمت كاركنان.
33. سياست گذاري و برنامه ريزي براي توسعه و آموزش بخش غيردولتي در حوزه دامپزشكي وصدورپروانه هاي لازم ونظارت برعملكرد آن‌ها با همكاري مراجع ذيربط.
34. مشاركت فعال در كنفرانس هاي داخلي و بين المللي دامپزشكي و اعزام نماينده به اين كنفرانس ها و همچنين مبادله اطلاعات علمي با مراكز و مراجع علمي و دامپزشكي.
35. تاسيس و توسعه شبكه هاي دامپزشكي همچنين تربيت كادر فني در مناطق و مراكز دامداري كشور.
36. تهيه وسايل و لوازم فني، داروها، واكسن، سرم، مواد بيولوژيكي، سموم و مواد ضدعفوني كننده مربوط به مبارزه با بيماري‌هاي دامي از داخل يا خارج از كشور و عرضه آن به مصرف كنندگان به قيمت تمام شده يا به صورت بلاعوض (برابربند13 قانون سازمان دامپزشكي كشور).
37. برنامه ريزي و نظارت بمنظوراجراي مفاد موافقت نامه هاي سازمان تجارت جهاني مربوط به بهداشت دام در سطح كشور.
38. همكاري با نهادهاي مرتبط در ذبح و صيد شرعي .